Bij keizerlijk decreet van 9 juli 1810 werd Hollande verenigd met het Franse keizerrijk. De bestuursstructuur werd daarbij voorlopig intact gelaten. Een sénatus-consulte organique van 13/14 december 1810 verklaarde Hollande en een aantal departementen in Duitsland vervolgens tot integraal onderdeel van Frankrijk.

Een keizerlijk decreet van 18 oktober 1810 verdeelde Hollande in zeven departementen, waaronder het Département du Zuyderzée. Het Département de l' Ems Oriental (Oostereems) werd evenwel bij keizerlijk decreet van 26 december 1810 weer aan het Gouvernement-Général de Hollande onttrokken, zodat zes departementen overbleven. Het Gouvernement-Général des Départements de la Hollande en de nieuwe Franse bestuursstructuur traden in werking op 1 januari 1811. Een keizerlijk decreet van 6 januari 1811verklaarde de Franse wetgeving geldig in de Hollandse departementen.

Vanaf 1 januari 1811 voerde de Préfet du département du Zuyderzée, als de overige Franse préfets, onder verantwoordelijkheid van de Keizer diens wetten en decreten uit. HHiermee werd het bestuur van het departement volledig eenhoofdig. De Préfet was verantwoordelijk voor orde en rust, voor de belastingheffing, de conscriptie en publieke werken. Sous-préfets oefenden elk in hun arrondissement als ondergeschikten van de Préfet dezelfde taken uit. In de gemeenten lag analoog het eenhoofdige gezag bij de maires. De Préfets hielden voor inhoudelijke zaken rechtstreeks correspondentie met Parijs, in de eerste plaats met de Ministre de l' Intérieur, maar ook met de overige ministres. Het contact met het Gouvernement-Général in Amsterdam beperkte zich tot de organisatorische inbedding van Hollande in de Franse overheidsadministratie.

Naast de Préfet stonden een Conseil de Préfecture, een Conseil général en een Collège Électoral. Het Conseil de Préfecture, voorgezeten door de Préfet, hield zich bezig met de administratieve rechtspraak in het departement, zoals bijvoorbeeld ten aanzien van het beleid betreffende publieke werken, domeinen en dergelijke. Van de uitspraken was beroep mogelijk op het Conseil d' État. In Hollande oefenden bovendien de préfets en de leden van het Conseil de Préfecture voor misdrijven inzake de belastingheffing dezelfde rechtsmacht uit als voorheen Landdrost en Assessoren. Ook kon de Préfet desgewenst over belangrijke zaken advies vragen aan zijn Conseil de Préfecture. Het Conseil de Préfecture vormde een permanent college, maar dat was geen garantie dat het regelmatig vergaderde.

Het Conseil-Général van het departement daarentegen kwam eenmaal per jaar bijeen, voornamelijk voor de verdeling van enkele heffingen over de arrondissementen. Het koos een eigen voorzitter en secretaris. De leden werden benoemd door de keizer, die daartoe per plaats een tweevoudige voordracht ontving van het Collège Électoral van het departement. Van het tweetal moest er één van buiten het Collège komen. Naast de sous-préfets stonden de Conseils d' Arrondissement die eveneens eenmaal per jaar bijeen kwamen en zich ook bezig hielden met de verdeling van heffingen.

De hoofdstad van het Département du Zuyderzée (de oude departementen Amstelland en Utrecht) was Amsterdam. Het werd onderverdeeld in vier, later in zes arrondissementen, namelijk Amsterdam (het oude kwartier van Haarlem), Hoorn (het oude kwartier van Hoorn), Utrecht (het oude kwartier van Utrecht) en Amersfoort (het oude kwartier van Amersfoort). Van de arrondissementen Amsterdam en Hoorn, die te groot bleken te zijn, werden op 21 oktober 1811 de arrondissementen Haarlem en Alkmaar afgesplitst.

De préfets, de sous-préfets en de leden van de Conseils werden allen benoemd door de keizer. De leden van het Conseil de Préfecture waren bij voorkeur rijke ingezetenen. De Keizer kon naar willekeur ontslaan of, wat betreft préfets en sous-préfets, verplaatsen. Alleen voor de leden van het Conseil-Général gold een vaste termijn, namelijk vijftien jaar. Bij het genoemde keizerlijke decreet van 18 oktober 1810 werd voor het Département du Zuyderzée het aantal leden van het Collège Électoral vastgesteld op driehonderd, dat van het Conseil-Général du Département op vierentwintig en dat van het Conseil de Préfecture op vijf.

Een secretaris-generaal stond aan het hoofd van de departementale administratie. Hij werd gekozen door de Keizer, gewoonlijk uit plaatselijke notabelen.

• Archief van de staten van Utrecht , 1581-1810
• Sous-série F1 Ministère de l' Intérieur. Administration Générale